工业冷水机组系统的运作是主要是通过三个相互联系的系统来完成的，即：制冷剂循环系统、水循环系统、电器自控系统。

水循环系统：

水泵负责将水从水箱抽出泵到用户需冷却的设备，冷冻水将热量带走后温度升高，再回到冷冻水箱中。

工业冷水机组制冷剂循环系统：

蒸发器中的液态制冷剂吸收水中的热量并开始蒸发，最终制冷剂与水之间形成一定的温度差，液态制冷剂亦完全蒸发变为气态，后被压缩机吸入并压缩（压力和温度增加）,气态制冷剂通过冷凝器（风冷/水冷）吸收热量，凝结成液体。通过膨胀阀（或毛细管）节流后变成低温低压制冷剂进入蒸发器，完成制冷剂循环过程。

电器自控系统：

电器自控系统包括电源部分和自动控制部分。电源部分是通过接触器，对压缩机、风扇、水泵等供应电源。

自动控制部分包括温控器、压力保护、延时器、继电器、过载保护等相互组合达到根椐水温自动启停，保护等功能。